UFO: Afterlight irá transportar o jogador até ao planeta Marte, onde uma colónia humana foi construída para auxiliar os Reticulans, não muito longe dos espaço de acção de UFO Aftershock.
Marte é um planeta auto-sustentável que providencia todas as quantidades de alimento, oxigénio e agua necessárias à vida humana. Mas um inimigo alienígena está determinado em apagar os rastos de outras civilizações em Marte, irá caber ao jogador controlar e aniquilar esta invasão inimiga.