O jogo começa com a nação de Orange Star em guerra com o país vizinho Blue Moon. Como um tático conselheiro de Orange Star, o jogador guia os conflitos com os outros 3 países do jogo, tendo batalhas em todos eles. Com o decorrer da batalha, os diálogos levam a crer que ninguém começou essa guerra, já que todos os COs falam em estar apenas respondendo a ataques. No final, é revelado que o verdadeiro inimigo de todos é a nação de Black Hole, liderada por Sturm. Usando um clone de Andy, Sturm fez com que as quatro nações entrassem em conflito para enfraquecê-las e, posteriormente, conquistá-las. Uma vez que o inimigo em comum é descoberto, todos se unem para expulsar sua armada da Terra.
O objetivo de cada batalha é destruir o exército inimigo. Para isso ocorrer, são possíveis duas formas: Destruir todas as unidades dele ou conquistar seu quartel-general. Porém, algumas batalhas possuem objetivos específicos. Os modos de jogo disponível são:
- "Campanha" (que contém o eixo principal da história)
- "War Room" (onde é possível jogar em busca de recordes)
- Multiplayer.
Além disso, é possível desenhar mapas.